【2026年最新】Shopify決済サービス完全ガイド｜手数料一覧・KOMOJU・Paidy・PayPay・コンビニ決済の選び方をエンジニア目線で徹底解説

2026年最新版として、実務ベースで厳選しています。

Shopifyの決済設定は「どのアプリを入れるか」ではなく、「どの外部サービスと紐づけるか」という設計の話です。この前提を誤解したまま進むと、想定外の手数料が発生したり、経理が煩雑になったりします。

この記事では、こんな疑問・悩みにお答えします：

ShopifyでPayPayやコンビニ決済を使うには何が必要？
KOMOJUとSBペイメントはどっちを選べばいい？
決済手段を増やすと手数料は二重取りになるの？
楽天ペイはKOMOJUで使える？手数料はいくら？
Paidyはどうやって導入する？審査にどれくらいかかる？
うちのストア規模にあった構成は？

比較表はスプレッドシートに貼り付けたり、CSVでダウンロードしてクライアント提案に活用できます。エンジニアから経営者まで、両方にとって使える「決済設計の教科書」として構成しています。

1 まず理解すべき前提知識：決済の仕組みと手数料構造
2 迷ったらこの構成で選ぶ：クイックガイド
3 Shopifyプラン別・決済コスト一覧表（2026年4月時点）
4 決済サービス別・手数料一覧表（コピー・CSV対応）
5 導入前に知っておくべきこと
- 5.1 「決済手段が多い＝良い」は必ずしも正しくない
- 5.2 Shopify Paymentsが使えないケースもある
6 各決済サービスの詳細解説
7 決済チャネルを増やすメリット・デメリット
- 7.1 メリット：CVR向上・客層の拡大
- 7.2 デメリット：経理の複雑化と管理コストの増大
8 ジャンル・ストア規模別のおすすめ決済構成
9 エンジニア目線でよくある失敗と対策
10 まとめ：Shopify決済設計の基本方針
11 Shopifyをこれから始める方へ

まず理解すべき前提知識：決済の仕組みと手数料構造

「決済はアプリ追加ではなく外部サービスとの紐づけ」

Shopifyで決済手段を増やす場合、Shopifyアプリストアから「PayPayアプリ」を入れるわけではありません。Shopifyの管理画面 → 設定 → 決済 から、外部の決済サービス（ペイメントプロバイダー）を連携させる仕組みです。

たとえばPayPayを導入したい場合、KOMOJUまたはSBペイメントサービスというゲートウェイ事業者と契約し、そこ経由でShopifyに紐づけます。PayPayと直接契約するわけではありません。この「間に挟まる業者」を理解しているかどうかが、設定ミスや手数料の誤算を防ぐ鍵になります。

Shopify Paymentsを有効化すれば外部取引手数料が0%になる

Shopifyには「外部サービス取引手数料」という独自の手数料が存在します。Shopify Payments以外の決済手段を使うと、Shopifyが別途0.6〜2.0%（プランにより異なる）を徴収する仕組みです。

ただし、Shopify Paymentsを有効化しているストアでは、この外部取引手数料が0%になります。つまり、Shopify PaymentsをメインにしつつKOMOJUなどを追加しても、取引手数料の二重課金は発生しません。これは非常に重要な仕様なので、必ず覚えておいてください。

2層の手数料構造を理解する

Shopifyの決済コストは大きく2つの層から成り立っています：

第1層：決済サービス手数料（KOMOJUやPaidyなどの外部サービスに支払う手数料）
第2層：Shopify外部取引手数料（Shopify Payments未有効化の場合のみ発生）

Shopify Paymentsを有効化していれば、第2層は0円です。Shopify Paymentsを使えない業種・地域の場合のみ、両方の手数料が発生します。

迷ったらこの構成で選ぶ：クイックガイド

とにかくシンプルに始めたい → Shopify Payments のみ
コンビニ・銀行振込・PayPayも対応したい → Shopify Payments ＋ KOMOJU
後払い（Paidy）を追加したい → Shopify Payments ＋ KOMOJU ＋ Paidy
楽天ペイも入れたい → KOMOJU（手数料4.4%〜）またはSBペイメント経由
経理が少人数で管理が心配 → 最大2本まで（Shopify Payments ＋ KOMOJU）に絞る
越境EC・海外顧客対応 → Shopify Payments ＋ PayPal

Shopifyプラン別・決済コスト一覧表（2026年4月時点）

まず自分のストアが「どのプランでどれだけコストがかかるか」を整理しておきましょう。

プラン	月額（年払い）	Shopify Payments 国内クレカ手数料	外部サービス取引手数料※	向いている規模
Basic	4,850円	3.55%	2.0%	月商〜50万円
Grow	13,500円	3.4%	1.0%	月商50〜200万円
Advanced	58,500円	3.25%	0.6%	月商200〜1,000万円
Plus	368,000円〜	2.9%	0.2%	月商1,000万円〜

※外部サービス取引手数料は、Shopify Paymentsを有効化していれば0%。未使用の場合のみ発生します。
※料金は2026年4月時点のShopify公式情報をもとにしています。

決済サービス別・手数料一覧表（コピー・CSV対応）

主要な決済サービスを横並びで比較できる表です。クライアントへの提案資料や社内共有にもご活用ください。

決済サービス	クレカ手数料	その他対応手段・手数料	初期費用	月額費用	入金サイクル	日本語対応	個人事業主
Shopify Payments	2.9〜3.55%	Apple Pay / Google Pay / Shop Pay	0円	0円	最短翌営業日	◎	◎
KOMOJU	3.25%（一律）	コンビニ2.75% / 銀行振込1.4% / QR（PayPay等）3.5%〜 / 楽天ペイ4.4%〜	0円	0円	月2回	◎	◎
Paidy（後払い）	—	後払い（加盟店手数料：要審査・非公開）	0円	0円	月1〜2回	◎	△（法人推奨）
SBペイメントサービス	要見積もり（3%前後が多い）	楽天ペイ / コンビニ / キャリア決済	1,000円	1,000円〜	月1〜2回	◎	○
PayPal	3.6%（国内）/ 4.1%+固定費（海外）	PayPalアカウント払い	0円	0円	翌営業日〜数日	○	◎
Amazon Pay	—	⚠️ 2025年1月6日にShopify連携終了	—	—	—	—	—

※料金は2026年4月時点のShopifyアプリストア・各サービス公式情報をもとにしています。KOMOJUの振込手数料：220円（3万円未満）/ 410円（3万円以上）。
※Shopify Paymentsを有効化している場合、外部サービス取引手数料は0%のため、表の手数料が実質コストとなります。

導入前に知っておくべきこと

「決済手段が多い＝良い」は必ずしも正しくない

CVR（購入転換率）の向上のために決済手段を増やすこと自体は正しい方向です。しかし、入金元が増えると経理処理が複雑になります。Shopify Payments・KOMOJU・Paidy・PayPalと4社から別々に入金があると、月次の売上照合が非常に手間になります。

経理体制が整っていない小規模ECは、まず「Shopify Payments ＋ KOMOJU」の2本構成でスタートすることを強く推奨します。KOMOJUはクレカ・コンビニ・銀行振込・PayPay・メルペイまで一本化できるため、これだけでほぼすべての国内決済ニーズをカバーできます。

Shopify Paymentsが使えないケースもある

Shopify Paymentsは日本ではほとんどの業種で利用可能ですが、一部の禁止業種・ハイリスク商材では利用不可となることがあります。その場合、KOMOJUなどをメイン決済として使うことになりますが、Shopify外部取引手数料が発生する点に注意が必要です。プランをAdvanced以上にするか、手数料を価格に転嫁するかの判断が必要です。

各決済サービスの詳細解説

① Shopify Payments｜Shopify公式の最強スタートライン

Shopifyが提供する公式の決済サービスです。管理画面と完全統合されており、売上・返金・チャージバック対応がすべてShopify内で完結します。導入するだけでShopify外部取引手数料が0%になる点が最大のメリットです。

基本情報

手数料：プランにより2.9〜3.55%（Basic:3.55% / Grow:3.4% / Advanced:3.25% / Plus:2.9%）
対応決済手段：Visa / Mastercard / Amex / JCB / Apple Pay / Google Pay / Shop Pay
入金サイクル：最短翌営業日（通常2〜3営業日）
初期・月額費用：なし

💡 そこが知りたかった：よくある疑問に答えます

Q. Shopify Paymentsを使えば他の決済は不要？
クレジットカード・Apple Pay・Google Payはカバーできます。ただしコンビニ払い・銀行振込・後払いが必要なら、KOMOJUなどの追加が必要です。
（Shopifyペイメントなどを介せずに直接銀行振込とする場合は除く）
Q. 不審請求申告（チャージバック）はどう対応する？
Shopify管理画面内で通知・対応ができます。証拠書類のアップロードもShopify上で完結します。
Q. Shopify Paymentsを後から無効化するとどうなる？
外部取引手数料が発生するようになります。KOMOJUのみにする場合でも、Shopify Paymentsは有効化したまま残しておくことをおすすめします。
Q. 海外からの注文にも対応できる？
対応可能ですが、通貨変換手数料が別途発生します。越境ECがメインなら通貨設定の確認が必須です。

✅ メリット

管理画面との完全統合で売上管理が最もシンプル
外部取引手数料を0%にできる（最重要メリット）
入金が早い（翌営業日〜）
Shop Payでリピート購入のCVR向上が見込める

⚠️ デメリット・注意点

コンビニ払い・銀行振込・後払いには非対応
一部禁止業種は利用不可
リスク判定でアカウント停止になるケースがある（特に急激な売上増時）

向いているストア

Shopifyを始めて間もないEC事業者
クレカ決済メインで運営できるアパレル・雑貨系
経理体制がシンプルな小規模ストア

エンジニア目線のポイント：テスト注文時にShopify Paymentsは専用のテストカード番号を使います（管理画面でテストモードに切り替え）。本番カードで誤って決済してしまうミスが意外と多いため、開発環境では必ずテストモードを確認してから作業してください。

▶ Shopify Paymentsの詳細を見る

② KOMOJU｜コンビニ・PayPay・銀行振込を一本化できる最強の補完

KOMOJUはDeNAが運営する国内向け決済ゲートウェイです。個人事業主でも審査可能・初期費用0円・月額0円という参入障壁の低さが特徴で、Shopifyとの連携実績も豊富です。コンビニ決済・銀行振込・PayPay・LINE Pay・メルペイ・楽天ペイなどをまとめて導入できます。

基本情報

クレジットカード手数料：3.25%（Visa / Mastercard / Amex / JCB / Diners 一律）
コンビニ決済：2.75%
銀行振込：1.4%
QRコード決済（PayPay / LINE Pay / メルペイ等）：3.5%〜
楽天ペイ：4.4%〜（KOMOJUで最も高い手数料）
振込手数料：220円（3万円未満）/ 410円（3万円以上）
入金サイクル：月2回

💡 そこが知りたかった：よくある疑問に答えます

Q. PayPayはKOMOJUで使える？
使えます。手数料は3.5%〜です。PayPay単体での直接連携はできないため、KOMOJU経由が現実的な選択肢です。
Q. 楽天ペイはKOMOJUで使える？SBペイメントと手数料は違う？
KOMOJUでも楽天ペイは使えますが、手数料は4.4%〜とKOMOJU内で最も高め。SBペイメントサービス経由の場合は別途月額・初期費用がかかるため、単純比較ではなく楽天ユーザーがどれだけ見込めるかを判断材料にしてください。
Q. コンビニ決済の支払い期限はどうなる？
注文から3〜7日が一般的（KOMOJU設定による）。期限切れキャンセルはShopify Flowで自動化することを強く推奨します。手動管理では取りこぼしが発生します。
Q. 個人事業主でも審査は通る？
通ります。KOMOJUは個人事業主にも門戸を開いており、開業届さえあれば基本的に審査可能です（業種による）。
Q. Shopify PaymentsとKOMOJUを両方入れたら手数料が二重になる？
なりません。Shopify Paymentsを有効化していれば、KOMOJU経由の取引にShopify外部取引手数料は発生しません。

✅ メリット

初期・月額0円で個人事業主でも導入しやすい
国内主要決済手段をほぼ網羅できる
クレカ手数料がShopify Paymentsより低い場合がある（BasicプランはKOMOJUの3.25%が有利）
Shopify公式のKOMOJUアプリで連携が簡単

⚠️ デメリット・注意点

楽天ペイは4.4%〜と手数料高め
入金が月2回のため資金繰りに注意が必要
振込手数料が別途かかる
コンビニ決済の期限切れ管理が必要（Shopify Flow推奨）

向いているストア

シニア層・コンビニ払いニーズが高い客層向けストア
食品・日用品など幅広い客層にリーチしたい場合
銀行振込・請求書払いの法人顧客が多いB2B的EC

エンジニア目線のポイント：KOMOJUのWebhookはShopify注文ステータスと連動しますが、コンビニ決済の「入金確認後に受注確定」フローはカスタマイズが必要なケースがあります。デフォルトでは注文と入金のタイミングがずれるため、フルフィルメントフローを設計する前に必ずKOMOJUのドキュメントで入金通知のタイミングを確認してください。

▶ KOMOJUの詳細を見る

③ Paidy｜後払いで「今すぐ買う」ハードルを下げる

PaidyはApple傘下の後払い決済サービスです。購入者はクレジットカード不要で商品を受け取り、翌月まとめてコンビニ・口座振替で支払います。カード情報の入力がないため、カードを持っていない若年層・シニア層にもリーチできます。

基本情報

消費者向け手数料：購入者が翌月払いを選択した場合は無料（3回・6回払いは手数料あり）
加盟店手数料：審査後に個別提示（非公開。一般的には3〜4%程度とされる）
審査期間：10〜14営業日（実務では3週間前に申し込みを推奨）
入金サイクル：月1〜2回
初期・月額費用：なし

💡 そこが知りたかった：よくある疑問に答えます

Q. 審査はどれくらいかかる？
10〜14営業日が目安です。ローンチに間に合わせたい場合は、3週間前に申し込むのが実務上の鉄則です。
Q. 個人事業主でも使える？
審査は可能ですが、法人のほうが通りやすい傾向があります。個人事業主は審査落ちのリスクも想定しておくべきです。
Q. 未払いリスクはEC事業者が負う？
PaidyがEC事業者に対して売掛金を保証する仕組みです（売掛保証型）。消費者が支払わなくてもEC事業者への入金は保護されます。
Q. どんな商品に向いている？
ファッション・美容・家電など、「今すぐ欲しいが手持ちが足りない」場面に有効です。高単価品のCVR改善事例が多い。

✅ メリット

カード不要で若年層・カード非保有者にリーチできる
未払いリスクをPaidyが負担（EC事業者は保護される）
高単価品のカゴ落ち防止に有効

⚠️ デメリット・注意点

審査期間が長い（10〜14営業日）
加盟店手数料が非公開で比較しにくい
個人事業主の審査は不安定
入金元がさらに増えるため経理が複雑化する

向いているストア

高単価アパレル・コスメ・家電ストア
10〜30代の若年層をターゲットにしたEC
BNPL（Buy Now Pay Later）でCVR改善を狙いたいストア

エンジニア目線のポイント：ShopifyへのPaidy連携はPaidy公式のShopifyアプリ経由で行います。アプリのバージョンと動作確認は、特に大型アップデート後に必ず行ってください。決済フローのテストはPaidyのサンドボックス環境を使い、本番と同じ注文フローを一通り流しておくことが重要です。

▶ Paidyの詳細を見る（加盟店向け）

④ SBペイメントサービス｜楽天ペイを使いたいなら選択肢に入る

ソフトバンクグループが提供する決済代行サービスです。楽天ペイをShopifyで使うための数少ない経路の一つであり、楽天ユーザー比率が高い客層を抱えるEC事業者には検討の余地があります。ただし、初期費用・月額費用がかかる点がKOMOJUとの大きな違いです。

基本情報

クレジットカード手数料：要見積もり（概ね3%前後）
楽天ペイ対応：あり（KOMOJU経由より手数料が変わる場合がある）
コンビニ決済・キャリア決済：対応
初期費用：1,000円〜
月額費用：1,000円〜
日本語サポート：充実

💡 そこが知りたかった：よくある疑問に答えます

Q. KOMOJUと何が違う？
KOMOJUは無料で始められますが、SBペイメントは初期・月額費用がかかります。ただし法人契約での信頼性や、楽天ペイ手数料条件が異なる場合があります。月商が大きくなってきた段階で比較検討するのが現実的です。
Q. 楽天ペイはKOMOJUとSBペイメントどちらで使うべき？
小規模スタートならKOMOJU（無料）、楽天への依存度が高いストアでSBペイメントの見積もりを取ってみるのが現実的なアプローチです。

✅ メリット

楽天ペイへの対応が可能
大手グループのサポート体制
法人向けの安定した実績

⚠️ デメリット・注意点

初期・月額費用が発生（KOMOJU比較で不利）
手数料が個別見積もりのため透明性が低い
小規模ECには費用対効果が合わない場合がある

向いているストア

楽天市場にも出店しており楽天ユーザーとの接点が多いEC
月商が安定して100万円以上ある中規模以上のストア

エンジニア目線のポイント：SBペイメントのShopify連携はAPIドキュメントが法人向けに整備されています。設定時はテスト環境での動作確認を必ずコマンド単位でログを残しながら行うことを推奨します。本番移行後に問題が出たときのデバッグが格段に楽になります。

⑤ PayPal｜越境EC・海外顧客対応のスタンダード

世界200以上の国・地域で使われる決済サービスです。日本国内での利用は限られますが、海外からの購入者には非常に有効で、PayPalアカウントで安心して決済できる点が強みです。

基本情報

国内クレカ手数料：3.6%
海外決済：4.1%＋固定費（通貨変換手数料別途）
初期・月額費用：なし
対応通貨：多通貨対応

💡 そこが知りたかった：よくある疑問に答えます

Q. Shopifyに最初からPayPalが設定されているのはなぜ？
ShopifyはデフォルトでPayPalを有効化した状態でストアを作成します。国内のみの販売であれば無効化を検討してください。手数料が高く、混乱を招く場合があります。
Q. 国内販売にPayPalは必要？
一般的なアパレル・日用品ECではほぼ不要です。ただしアニメグッズや伝統工芸品など、海外からの購入需要があるカテゴリーでは有効です。

✅ メリット

海外購入者の信頼感が高い
多通貨・多言語対応
初期・月額費用なし

⚠️ デメリット・注意点

国内向けには手数料が割高（3.6%）
Shopifyのデフォルト有効化に注意（不要なら無効化推奨）
PayPalアカウントが必要なため、非保有者には使われない

向いているストア

越境EC・インバウンド需要があるストア
海外SNS流入がある商品カテゴリー（アニメ・伝統工芸・ファッション）

エンジニア目線のポイント：Shopifyの新規ストアはデフォルトでPayPalが有効化されています。国内専売ストアの場合、設定を引き継ぎで構築するときに「PayPalが気づかない間にアクティブになっている」ケースが多発します。ストア設定完了後に必ず決済設定を一覧確認するチェックリストを手順に入れておくことを推奨します。

⑥ Amazon Pay（参考：2025年1月6日連携終了）

Amazon PayはShopifyとの連携を2025年1月6日をもって終了しています。既存導入ストアも利用不可となっており、代替手段としてKOMOJUやSBペイメントの検討が必要です。参考情報として記載しておりますが、新規導入は不可能です。

決済チャネルを増やすメリット・デメリット

メリット：CVR向上・客層の拡大

決済手段を増やす最大の目的はカゴ落ち防止です。「クレカを持っていない」「PayPayで払いたい」「コンビニで現金払いしたい」といった理由で離脱するユーザーを取り込めます。特に以下の効果が期待できます：

コンビニ払い追加：シニア層・カード非保有の若年層への対応
QRコード決済追加：スマホネイティブ世代のスムーズな決済体験
後払い（Paidy）追加：高単価品の購入ハードルを下げてCVR改善
銀行振込追加：法人購入者・まとめ買いユーザーへの対応

デメリット：経理の複雑化と管理コストの増大

決済手段を増やすと、入金元が分散します。Shopify Payments・KOMOJU・Paidyがそれぞれ別のサイクルで入金してくるため、月次の売上照合や確定申告の準備が格段に複雑になります。

具体的なリスクとして以下が挙げられます：

どの入金がどの注文か照合する手間の増大
返金処理が複数のサービス画面で必要になる
振込手数料が決済サービスごとに発生する
確定申告時の計上ミスのリスクが高まる

実務的な結論：小規模EC（月商100万円以下）は「Shopify Payments ＋ KOMOJU」の2本構成にとどめることを強く推奨します。KOMOJUだけでコンビニ・PayPay・銀行振込・楽天ペイまで一本化できるため、管理の複雑化を最小限に抑えながら決済手段を充実させられます。

ジャンル・ストア規模別のおすすめ決済構成

パターン1：アパレルEC（月商〜100万円・小規模）

推奨構成：Shopify Payments ＋ KOMOJU

クレカ・Apple Pay・Google PayはShopify Paymentsで完結。コンビニ払い・PayPayはKOMOJUで追加。入金元を2社に絞ることで経理負荷を最小化できます。Paidyは売上が安定してきた段階で追加検討するのが現実的です。

パターン2：高単価ファッション・ジュエリー（月商100〜300万円）

推奨構成：Shopify Payments ＋ KOMOJU ＋ Paidy

高単価商品は後払い（Paidy）の導入がCVR改善に直結しやすいです。「今月の支払いは来月にまとめたい」という層を取り込めます。Paidyの審査は3週間前に申し込みを開始してください。

パターン3：食品・日用品サブスクEC

推奨構成：Shopify Payments ＋ KOMOJU（銀行振込重視）

定期購入は継続しやすいクレカ・口座振替が基本ですが、「銀行振込でまとめて払いたい」法人顧客向けにKOMOJUの銀行振込オプションが活きます。コンビニ払いは定期購入との相性があまり良くないため、優先度は低めでよいです。

パターン4：シニア・地方向けECストア

推奨構成：Shopify Payments ＋ KOMOJU（コンビニ・銀行振込重視）

スマートフォン操作やオンライン決済に不慣れなユーザーが多い場合、コンビニ払い・銀行振込への対応が購入完了率に直接影響します。店頭で商品を見てからオンラインで購入するといった行動パターンにもコンビニ払いは有効です。

パターン5：越境EC・インバウンド需要あり

推奨構成：Shopify Payments ＋ KOMOJU ＋ PayPal

海外顧客はPayPalを信頼する傾向が強いです。アニメグッズ・伝統工芸品・ファッションブランドなど、海外SNSからの流入がある場合はPayPalの有効化を検討してください。なお、国内向けではPayPalを無効化したままで構いません。

エンジニア目線でよくある失敗と対策

失敗1：PayPalがデフォルトで有効化されたままになっている

Shopifyは新規ストア作成時にPayPalを自動的に有効化します。国内専売ストアで気づかないままにしていると、購入者がPayPalを選択した際に意図しない手数料が発生します。ストア構築時の最終チェックリストに「不要な決済手段の無効化確認」を必ず入れてください。

失敗2：コンビニ決済の支払い期限切れキャンセルを手動管理している

コンビニ払いの注文は、支払い期限が切れると未払いのまま残ります。手動で確認・キャンセルしていると取りこぼしが発生し、在庫も押さえたままになります。Shopify Flowを使った自動キャンセルフロー（期限切れ後X時間でオーダーキャンセル＆在庫復元＆顧客通知）を必ず設定してください。

失敗3：Paidyの審査をローンチ直前に申し込んだ

Paidyの審査には10〜14営業日かかります。ローンチ日に間に合わせようとして1週間前に申し込み、審査が間に合わなかった事例が実務で多発しています。Paidy導入は必ずローンチ3週間前に着手してください。

失敗4：Shopify Paymentsを無効化して外部取引手数料が発生していた

「KOMOJUだけで十分」と判断してShopify Paymentsを無効化したところ、すべての取引にShopify外部取引手数料（最大2.0%）が上乗せされていたというケースです。Shopify PaymentsはたとえKOMOJUをメインで使う場合でも、有効化したまま残しておくのが基本です。